まず結論から言うと、日本人の低い高いということで英語力の伸びにはあまり影響されないと思います。
理由としては、２つあります。
一つ目は、フィリピンの語学学校では、マンツーマンを含む、少人数での授業が日中、夜間に関わらず一日中行われているので、常に自分自身の英語力に合わせた学習ができます。学校によっては、その学校・学生寮に住んでいる講師がいたり、夜間の時間帯まで講師にいつでも質問できる環境が用意されていることもあるので日本人と話すより講師と話す方が多く、日本人がいたとしても、話すのはほんとうに短時間というのが現状の様です。
二つ目としては、フィリピンの語学学校に通う留学生は、日本人と韓国人がほとんどを占めています。アジア人がほとんどを占めている事から、英語を母国語とする国への留学（アメリカ、オーストラリア、カナダ、イギリスなど）と異なり、そこまで日本人を避けなくても良いと思います。